انجمن پزشکی خاورمیانه ژاپن یک سازمان غیرانتفاعی است که در زمینه تقویت و بهبود فعالیت پزشكی، آموزش پزشکی، بهداشت و رفاه عمومی برای جامعه خاورمیانه، و همچنین كمك به همكاری بین‌المللی با افزایش درك بهتر بین خاورمیانه و ژاپن فعالیت می‌کند.