بنیاد ملی علم ایران در راستای ارتقای سطح علمی دانشگاه‌های کشور و حمایت هدفمند از تولیدات علمی باکیفیت، از برخی دانشگاه‌های منتخب کشور حمایت می‌کند که دانشگاه علوم پزشکی اصفهان نیز یکی از دانشگاه‌های مشمول این حمایت است. در همین راستا، کارگروه توسعه بروندادهای علمی دانشگاه در قالب برنامه جهش (جریان‌سازی، هدایت و شتاب‌دهی) به‌صورت ویژه از انتشار مقالات علمی حمایت می‌کند. این حمایت مالی مستقل و جدا از تشویقی مقالات دانشگاه بوده و جایگزین آن نخواهد بود.
در چارچوب «برنامه جهش» معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه، با هدف توسعه و شتاب‌دهی به تولید بروندادهای علمی، کارگاه تخصصی مدیریت پروژه‌های پژوهشی با تدریس دکتر شهرام توفیقی برگزار می‌کند. این برنامه با هدف شناسایی، آموزش و آماده‌سازی افراد توانمند برای مدیریت و پیگیری مگاپروژه‌های پژوهشی طراحی شده است.